Спустя два года после того, как Helghast вторглись на планету Vekta, армия организации ISA не только оттеснила неприятеля, но и пошла дальше, высадившись на родной планете бывшего захватчика - Helghan. Вам отводится роль закаленного в боях ветерана по имени Sev, который является членом специального отряда под названием Legion. Задачей подразделения Sev является взятие в плен лидера Helghast Императора Visari, что должно, по задумке ISA, остановить затянувшуюся войну. Так что, для главного героя и его отряда высадка на Helghan является лишь началом большого пути. Игрокам придется захватить столицу планеты - Pyrrhus, после чего станут ясны истинные масштабы происходящего - на своей родной планете Helghast представляют гораздо большую опасность. Во-первых, климат Helghan идеально подходит для ее коренных обитателей, а во-вторых Helghast могут использовать на своей родной планете принципиально новые виды оружия, с которыми силы ISA не сталкивались до этого момента. Sev и членам его команды очень скоро станет ясно, что преследование врага, которое должно было стать быстрой операцией, постепенно превратится для них в настоящую битву за выживание…